公元2054年初，世界发生动荡。政府不知出于何种目的将全球人类迁徙至一座秘密建造起的地下城市，地表化为一片废墟。

短短数年间，多数地下城居民开始出现永久听力下降，伴随间歇性的耳鸣症状，且新生儿多伴有遗传性听力障碍。

人们的质疑声愈演愈烈，甚至有阴谋论传出，内容直指政府利用声波洗脑以达成不可告人的目的。最终联合国公开承认决策失误，一个名为“斐波那契研究所"的神秘组织也随之进入公众视野。时任研究所所长的莱昂纳多表示将对该次事故负全责，却又在不久后神秘失踪。

人类搬回地表短短两年后，地球失守，受到比邻星b生命体的攻击，人类被迫再次迁回地下城市寻求庇护。斐波那契研究所新任所长弗雷德里克带领着一众精英研究员继续在暗中履行着他们的使命，尽管没有人知道他们所研究的内容究竟是什么。

斐波那契研究所有一个惯例，每天下午3点整，所长都会在虹膜隐形眼镜上发布一道题目供所有研究所成员挑战。

2072年夏，众人在忙碌之余依旧习惯性地期待着“谜题"的公布·．．·